Полев Дмитрий Евгеньевич – руководитель группы, к.б.н., старший научный сотрудник
Безручко Михаил Владимирович - младший научный сотрудник
Платова Софья Евгеньевна - младший научный сотрудник
Саитова Алина Тимуровна - младший научный сотрудник
Горохов Иван Андреевич - лаборант-исследователь
Группа метагеномных исследований (ГМИ) сформирована в 2022 году в рамках отдела эпидемиологии. Группа призвана внедрить современные методы молекулярной генетики в практику Института. В первую очередь, это относится к методам полногеномного секвенирования и биоинформатической обработки полученных данных. Основными партнёрами группы являются микробиологические и молекулярно-генетические лаборатории Института, с которыми группа работает в тесном взаимодействии, но отдельные исследования проводятся в сотрудничестве с внешними научными организациями.
Основное направление исследований группы: секвенирование и анализ геномов бактериальных штаммов из коллекций лабораторий Института, проводимое в рамках федерального проекта «Санитарный щит – безопасность для здоровья (предупреждение, выявление, реагирование)» для создания национального электронного каталога микроорганизмов и биотоксинов. Помимо этого, ГМИ участвует в эпидемиологических расследованиях вспышек инфекционных заболеваний и в исследованиях штаммов бактерий, представляющих научный интерес.
Избранные публикации:
Rachina S., Shchendrygina A., de Silva H. Radeesha, Tarasenko S., Mukhina N., Komarova I., Fedina L., Burmistrova E., Martens E., Sidorenko S., Gostev V., Polev D., Saitova A., Kraeva L., Goncharov N., Zvetkova I. A rare case of cardiac and ophthalmic manifestations of meningococcal septicemia // World Journal of Emergency Medicine. - 2024. - Vol. 4, Iss. 15. - pp. 328-330.
Самойлова А.А., Краева Л.А., Михайлов Н.В., Саитова А.Т., Полев Д.Е. Геномный анализ вирулентности и антибиотикорезистентности штаммов Klebsiella pneumoniae // Инфекция и иммунитет. - 2024. - Т. 14, № 2. - С. 339-350.
Долгова А.С., Капитонова М.А., Шабалина А.В., Саитова А.Т., Полев Д.Е., Макарова М.А., Кафтырева Л.А., Дедков В.Г. Идентификация ДНК Salmonella Enterica Serovar Typhi методом петлевой изотермической амплификации с флюоресцентной детекцией // Инфекция и иммунитет. - 2024. - Т. 14, № 1. - С. 66-76. doi: 10.15789/2220-7619-IOS-17545.
Repkin, E.A., E.R. Gafarova, M.A. Varfolomeeva, D.S. Kurjachii, D.E. Polev, A.L. Shavarda, G.P. Maslakov, R.I. Mullakhmetov, E.V. Zubova, T.B. Bariev, A.I. Granovitch & A.L. Maltseva Littorina snails and Microphallus trematodes: Diverse consequences of the trematode-induced metabolic shifts. Parasitol Res 123, 229 (2024). https://doi.org/10.1007/s00436-024-08244-8
Кафтырева Л.А., Макарова М.А., Матвеева З.Н., Полев Д.Е., Саитова А.Т., Жамборова М.Х., Смирнова М.В., Мельцер А.А., Кондратьева З.Г., Дедков В.Г. Первые находки монофазной Salmonella Typhimurium в Санкт-Петербурге // Проблемы медицинской микологии. - 2023. - Т. 25, № 3. - С. 3-9. https://doi.org/10.24412/1999-6780-2023-3-3-9.
Gostev V, Sabinova K, Sopova J, Kalinogorskaya O, Sulian O, Chulkova P, Velizhanina M, Pavlova P, Danilov L, Kraeva L, Polev D, Martens E, Sidorenko S. Phenotypic and genomic characteristics of oxacillin-susceptible mecA-positive Staphylococcus aureus, rapid selection of high-level resistance to beta-lactams. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2023 Sep;42(9):1125-1133. doi: 10.1007/s10096-023-04646-1. Epub 2023 Jul 29. PMID: 37515660.
Gafarova E., Kuracji D., Sogomonyan K., Gorokhov I., Polev D., Zubova E., Golikova E., Granovitch A., Maltseva A. Gut Bacteriomes and Ecological Niche Divergence: An Example of Two Cryptic Gastropod Species// Biology 2023, 12, 1521. https://doi.org/10.3390/biology12121521
Монографии:
Кафтырева Л.А., Balde R., Макарова М.А., Полев Д., Саитова А.Т., Гладышева Н.П., Boiro M.Y. Характеристика резистентности к антимикробным препаратам штаммов Escherichia coli, выделенных из микробиоты кишечника жителей Гвинейской Республики // В А.Ю. Попова, & В.В. Кутырев (Ред.), Россия - Африка: опыт работы Российско-Гвинейского научно-исследовательского центра эпидемиологии и профилактики инфекционных болезней. - Амирит, 2023. - С. 193-203.