История лаборатории:

            Лаборатория молекулярно-генетического мониторинга сформирована в феврале 2023 г. на базе группы молекулярно-генетического мониторинга (создана в апреле 2022 г.).

Сотрудники:

Гладких Анна Сергеевна – зав. лабораторией, к.б.н., старший научный сотрудник

Сбарцалья Валерия Александровна – к.б.н., научный сотрудник

Ключникова Екатерина Олеговна – к.б.н., научный сотрудник

Арбузова Татьяна Владимировна – аспирант, младший научный сотрудник

Шарова Алёна Андреевна – аспирант, младший научный сотрудник

Попова Маргарита Руслановна – аспирант, младший научный сотрудник

Цыганова Надежда Андреевна – младший научный сотрудник

Грицева Анастасия Сергеевна – младший научный сотрудник, биоинформатик

Найденов Дмитрий Дмитриевич – младший научный сотрудник, биоинформатик

Миличкина Дарья Михайловна – лаборант-исследователь

Бачевская Анастасия Владиславовна – лаборант-исследователь 

Лаборатория оснащена всем необходимым оборудованием для проведения ПЦР-исследований и расшифровки геномов патогенных микроорганизмов и вирусов. На базе лаборатории оптимизированы и поставлены методы секвенирования на платформах I, II и III поколений. Деятельность лаборатории направлена как на решение оперативных задач по расшифровке геномов актуальных возбудителей инфекций, так прикладных и фундаментальных задач.

Основные направленияе работы лаборатории:

- непрерывный мониторинг генетических вариантов возбудителя новой коронавирусной инфекции SARS-CoV-2 на территорию СЗФО, пополнение Российской национальной базы данных геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2 (платформа «VGARus», Virus Genome Aggregator of Russia) геномными последовательностями вируса;

- изучение эволюции и особенностей циркуляции вируса SARS-CoV-2 на территории СЗФО;

-   разработка и оптимизация подходов высокопроизводительного секвенирования вирусов и бактерий, возбудителей заболеваний человека и животных, из различного биоматериала;

- разработка и апробация наборов реагентов в режиме реального времени для выявления возбудителей инфекционных заболеваний методом полимеразной цепной реакции;

- изучение превалентности и генетического разнообразия зоонозных вирусов и  арбовирусов на територии РФ и эндемичных стран;

- филогения и филогеография вирусов-возбудителей заболеваний человека и животных;

- поиск и расшифровка геномов новых вирусов с оценкой их эпидемического потенциала;

- изучение скрытого вирусного разнообразия в переносчиках и основных хозяевах методами NGS.

Лаборатория обеспечивает потребности Института в направлении геномных исследований методами высокопроизводительного секвенирования, проводит обучение сотрудников Института методам молекулярной биологии, ПЦР-диагностики и секвенирования.

В рамках международного сотрудничества проводит совместные исследования со специалистами из стран Азии, Африки и Латинской Америки.  

Основные публикации:

1. Арбузова Т.В., Гладких А.С., Токаревич Н.К., Форгани М., Шарова А.А., Попова М.Р., Дедков В.Г. Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом: эпидемическая ситуация на территории Российской Федерации. Инфекционные болезни, 2024, т. 22, №3, с. 66–75. doi: 10.20953/1729-9225-2024-3-66-75

2. Сбарцалья В.А., Гладких А.С., Миличкина Д.М., Бачевская А.В., Попова М.Р., Шарова А.А., Черепанова Е.А., Дедков В.Г., Тотолян А.А. Структура ОРВИ в Северо-Западном федеральном округе в период пандемии COVID-19 (2021–2022 гг.). Инфекция и иммунитет. 2024. Т. 14, № 5. C. 917–926. doi: 10.15789/2220-7619-API-17644Korneenko E.V., Samoilov A.E., Chudinov I.K., Butenko I.O., Sonets I.V., Artyushin I.V., Yusefovich A.P., Kruskop S.V., Sinitsyn S.O., Klyuchnikova E.O., Gladkikh A.S., Dedkov V.G., Safonova M.V., Daszak P. and Speranskaya A.S. Alphacoronaviruses from bats captured in European Russia in 2015 and 2021 are closely related to those of Northern Europe. Front. Ecol. Evol. 12:1324605. doi: 10.3389/fevo.2024.1324605. 2024.

3. Korneenko E.V., Samoilov A.E., Chudinov I.K., Butenko I.O., Sonets I.V., Artyushin I.V., Yusefovich A.P., Kruskop S.V., Sinitsyn S.O., Klyuchnikova E.O., Gladkikh A.S., Dedkov V.G., Safonova M.V., Daszak P. and Speranskaya A.S. Alphacoronaviruses from bats captured in European Russia in 2015 and 2021 are closely related to those of Northern Europe. Front. Ecol. Evol. 12:1324605. doi: 10.3389/fevo.2024.1324605. 2024.

4. Ivanova, O.E., Eremeeva,T.P., Baykova, O.Y., Krasota, A.Y., Yakovchuk, E.V., Shustova, E.Y., Malyshkina, L.P., Mustafina, A.N.-I., Mikhailova, Y.M., Chirova, A.V., Cherepanova E.A., Morozova N.S., Gladkikh A.S., Dolgova A.S., Dedkov V.G., Totolian A.A., Kozlovskaya L.I. Detection of Polioviruses Type 2 among Migrant Children Arriving tothe Russian Federation from a Country with a Registered Poliomyelitis Outbreak. Vaccines. 2024, 12, 718. https://doi.org/10.3390/vaccines12070718.

5. Ndiaye M., Badji A., Dieng I., Dolgova A.S., Mhamadi M., Kirichenko A.D., Gladkikh A.S., Gaye A., Faye O., Sall A.A., et al. Molecular Detection and Genetic Characterization of Two Dugbe Orthonairovirus Isolates Detectedfrom Ticks in Southern Senegal.Viruses 2024, 16, 964. https://doi.org/10.3390/v16060964.

6. Dolgova A.S., Kanaeva O.I., Antonov S.A., Shabalina A., Klyuchnikova E.O., Sbarzaglia V.A., Gladkikh A.S., Ivanova O.E., Kozlovskaya L.,Dedkov V.G. Qualitative real-time RT-PCR assay for nOPV2 poliovirus detection. Journal of Virological Methods. 329(19):114984. doi:10.1016/j.jviromet.2024.114984. 2024.

7. Volobueva A.S., Fedorchenko, T.G., Lipunova G.N., Valova, M.S., Sbarzaglia V.A., Gladkikh A.S., Kanaeva O.I., Tolstykh N.A., Gorshkov A.N., Zarubaev V.V. Leucoverdazyls as Novel Potent Inhibitors of Enterovirus Replication. Pathogens 2024, 13, 410. https://doi.org/10.3390/pathogens13050410.

8. Gladkikh A.S., Thang M. Cao, Klyuchnikova E.O., Manh H. Dao, Sharova A.A., Melnichenko V.D., Popova M.R., Arbuzova T.V., Sbarzaglia V.A., Tsyganova N.A., Edward Ramsay, Dedkov V.G. Near complete genome sequences from Southern Vietnam revealed local features of genetic diversity and intergenerational changes in SARS- CoV-2 variants in 2020–2021. BMC Infectious Diseases 23(1). 2023. doi:10.1186/s12879-023-08814-8.

9. Gladkikh A.S., Thang M. Cao, Klyuchnikova E.O., Manh H. Dao, Sharova A.A., Melnichenko V.D., Popova M.R., Arbuzova T.V., Sbarzaglia V.A., Tsyganova N.A., Edward Ramsay, Dedkov V.G. Genetic diversity of SARS-CoV-2 in Southern Vietnam in 2020-2021. doi:10.21203/rs.3.rs-3014451/v1. 2023.

10. Speranskaya A.S., Artiushin I.V., Samoilov A.E., Korneenko E.V., Khabudaev K.V., Ilina E.N., Yusefovich A.P., Safonova M.V., Dolgova A.S., Gladkikh A.S., et al. Identificationand Genetic Characterization ofMERS-Related Coronavirus Isolatedfrom Nathusius’ Pipistrelle(Pipistrellus nathusii) near Zvenigorod(Moscow Region, Russia). Int. J.Environ. Res. Public Health 2023, 20, 3702. doi:10.3390/ijerph20043702.

11. Mhamadi M., Dieng I., Dolgova A.S., Touré C.T., Ndiaye M., Diagne M.M., Faye B., Gladkikh A.S., Dedkov V.G., Sall A.A., et al. Whole Genome Sequencing Analysis of African Orthobunyavirus Isolates Reveals Naturally Interspecies Segments Recombinations between Bunyamwera and Ngari Viruses.Viruses 2023, 15, 550. doi:10.3390/v15020550.

12. Gladkikh A., Klyuchnikova E.,Pavlova P., Sbarzaglia V., Tsyganova N., Popova M., Arbuzova T., Sharova A.,Ramsay E., Samoilov A., et al. Comparative Analysis of Library Preparation Approaches for SARS‐CoV‐2 Genome Sequencing on the Illumina MiSeq Platform. Int.J.Mol.Sci. 2023, 24, 2374. https://doi.org/10.3390/ijms24032374.

13. Gladkikh, A.; Dedkov, V.; Sharova, A.; Klyuchnikova, E.; Sbarzaglia, V.; Arbuzova, T.; Forghani, M.; Ramsay, E.; Dolgova, A.; Shabalina, A.; et al. Uninvited Guest: Arrival and Dissemination of Omicron Lineage SARS-CoV-2 in St. Petersburg, Russia. Microorganisms 2022, 10, 1676. https://doi.org/ 10.3390/microorganisms10081676.

14. Gladkikh, A.; Dedkov, V.; Sharova, A.; Klyuchnikova, E.; Sbarzaglia, V.; Kanaeva, O.; Arbuzova, T.; Tsyganova, N.; Popova, A.; Ramsay, E.; et al. Epidemiological Features of COVID-19 in Northwest Russia in 2021. Viruses 2022, 14(5), 931.

15. Gladkikh, A.; Dolgova, A.; Dedkov, V.; Sbarzaglia, V.; Kanaeva, O.; Popova, A.; Totolian, A. Characterization of a Novel SARS-CoV-2 Genetic Variant with Distinct Spike Protein Mutations. Viruses 2021, 13, 1029.

16. Корнеенко E. В.,Самойлов А. Е.,Артюшин И. В.,Юзефович А. П.,Долотова С.М.,Ключникова Е. О.,Сбарцалья В. А.,Гладких А. С.,Дедков В. Г.,Сперанская А. С. Альфакоронавирусы из фекалий летучих мышей, пойманных на территории Москвы и Ростова-на-Дону в 2021 г. Медицинский академический журнал, 2022, 2, 203-208.

17. Bubnova L., Pavlova I., Terentieva M., Glazanova T., Belyaeva E., Sidorkevich S., Bashketova N., Chkhingeria I., Kozhemyakina M., Azarov D., Kuznetsova R., Ramsay E. S., Gladkikh A., Sharova A., Dedkov V., Totolian A. HLA Genotypes in Patients with Infection Caused by Different Strains of SARS-CoV-2. International Journal of Environmental Research and Public Health, 2022, 19.

18. Korobova Z.R, Arsentieva N.A., Liubimova N.E., Batsunov O.K., Dedkov V.G., Gladkikh A.S., Sharova A.A., Adish Zh., Chernykh E.I., Kaschenko V.A., Ratnikov V. A.,Gorelov V. P.,Stanevich O. V.,Kulikov A. N.,Pevtsov D. E.,Totolian A. A. Cytokine Profiling in Different SARS-CoV-2 Genetic Variants. International Journal of Molecular Sciences, 2022, 22, 14146.

19. Korobova Z.R.,Arsentieva N. A.,Liubimova N. E.,Dedkova V. G.,Gladkikh A. S.,Sharova A. A.,Chernykh E.,Kashchenko V.,Ratnikov V.,Gorelov V.,Stanevich O.,Kulikov A.,Pevtsov D.,Totolian A. A. A Comparative Study of the Plasma Chemokine Profile in COVID-19 Patients Infected with Different SARS-CoV-2 Variants. International Journal of Molecular Sciences 2022, 16,23, 9058-9058.