L'Institut est doté d'un département d'études supérieures (école doctorale) qui fonctionne selon le règlement établi par le Ministère de l'Éducation et des Sciences de la Fédération de Russie (Ordre № 1061 du 12 septembre 2013). Les études de troisième cycle sont réalisées en langue russe et comprennent à la fois des formes de recherche et de formation à plein temps et par correspondance dans les quatre domaines et les cinq disciplines suivantes:

1. Sciences biologiques:

- Virologie,

- Microbiologie;

2. Médecine préventive:

- Epidémiologie;

3. Médecine fondamentale:

- Immunologie clinique, Allergologie;

4. Médecine clinique:

- Maladies infectieuses.

La durée des études de troisième cycle est définie par la loi fédérale comme suit:

- Médecine préventive, Médecine fondamentale et Médecine clinique: 3 et 4 ans pour la formation à plein temps et par correspondence, respectivement;

- Sciences biologiques - 4 et 5 ans pour la formation à plein temps et par correspondance, respectivement.